現地８月４日、ベルギー五輪委員会が７月31日のトライアスロン個人に出場した女性選手クレア・ミシェルがレース後に体調不良を訴えて入院したと発表した。

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　トライアスロンの水泳会場となっているセーヌ川の水質汚染が懸念されていた。個人レースの前々日から上流で雷雨が発生し、大量の生活排水がセーヌ川に流れ込んで水質が悪化。事前の公式練習と男子レースがそれぞれ延期となっていた。ただ、７月31日には「水質が改善された」として男女の個人レースが強行されていた。

　ミシェルはレース後に体調不良を訴えて入院。ベルギー紙『De Standaard』は、「大腸菌に感染していることが調査の結果判明した。胃や腸の問題を引き起こす可能性があり、その原因は汚染されたセーヌ川にある可能性がある。ミシェルは４日間の入院を経て選手村に戻った」と伝えた。
  　同じベルギー女子チームで、７月31日のトライアスロン個人に出場したジョエリン・ヴェルメーレンは、セーヌ川での水泳セッションの際、「考えたくないものを見たり、においを嗅いだりした」と語り、カナダ選手はレース後に嘔吐を繰り返した。

　医師でもあるスペイン選手ミリアム・カシージャスは「アスリートへの配慮がなかった。選手の健康を考えるなら、プランB（別の場所での開催）があったはず。主催者はセーヌ川が舞台というイメージを優先した」と非難していた。

　大会組織委員会は、ミシェルの入院を受けて「一日も早い回復を祈っています」と気遣った一方、体調不良とセーヌ川の水質汚染の因果関係は否定。「毎日のように水質検査を行なっており、その検査結果を健康基準に照らし合わせ、最終的に国際トライアスロン連盟によって開催の決断が下される」と、安全面に問題はないと強調した。

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