育成時代のニシノフラワーは馬体が小柄なうえに貧弱で、脚ばかり長いということで、評判になることもないまま、栗東トレーニングセンターの調教師・松田正弘に預託することになった。

　しかし、ニシノフラワーはトレセンに入厩してから見違えるような成長を見せる。馬体こそスリムではあったが、調教での動きに見るべきものが備わってきたのである。

　手綱は松田厩舎の所属騎手である佐藤正雄に委ねられ、デビューの新馬戦（札幌・ダート1000ｍ）を４馬身差で逃げ切ると、次走の札幌３歳ステークス（GⅢ、札幌・芝1200ｍ）は３番手から抜け出して２着に３馬身半差を付けて連勝。傑出したスピード能力を垣間見せた。

　いったん休養に入ったニシノフラワーは、代打騎乗で田原成貴が手綱をとったデイリー杯３歳ステークス（GⅡ、京都・芝1400ｍ）をまたも３馬身半差で圧勝すると、ふたたび佐藤に手綱が戻った阪神３歳牝馬ステークス（GⅠ、阪神・芝1600ｍ）でサンエイサンキュー、シンコウラブリイなどを降して優勝。同年のJRA賞で最優秀３歳牝馬のタイトルを手にするまでになった。
  　翌年の初戦はチューリップ賞（当時OP）となった。ここで、単勝オッズ1.2倍という圧倒的な人気を背負ったニシノフラワーだったが、スタート直後に他馬に寄られ、直線でも行き場を失う不利が重なり、まさかの２着に敗れてしまう。

　手綱をとった佐藤は大きな責任を感じていた。名牝になる素質を持った馬に、ほとんど実績のない自分が乗り続けていいのか……。佐藤は悩んだ末に自ら師匠の松田に交代を申し出て、その代わりに関西きっての名手である河内洋を推薦した。松田はその申し出を受け、オーナーにも承諾を得たうえで、ニシノフラワーは河内との新コンビで桜花賞（GⅠ、阪神・芝1600ｍ）へ向かうことになった。