フジキセキのデビューは1994年８月20日の新潟・芝の1200ｍ。鞍上は蛯名正義（現調教師）だった。当時は、初出走した開催内であれば最大４度まで新馬戦に出走できるというレギュレーションがあり、それは「折り返しの新馬戦」と呼ばれた。このレースの１番人気は「折り返し」での出走となった牝馬のシェルクイーンで、これが初戦となるフジキセキは２番人気に甘んじた。

　スタートで大きく出遅れたフジキセキはリカバリーして３番手まで位置を押し上げる。そして直線へ向くと、あっさり先行勢を抜き去って独走態勢を作り上げ、ゴールではシェルクイーンに８馬身差、タイムにして１秒３もの差をつけて圧勝する衝撃的なデビューを飾った。

　フジキセキはデビュー戦のあと休養に入り、充分に休養をとり成長を促されてからトレセンに帰厩。前走比＋14キロで、10月のもみじステークス（ＯＰ、阪神・芝1600ｍ）において鞍上に所属の渡辺栄厩舎（栗東）の主戦に乗り替わって戦線に復帰すると、単勝オッズ1.2倍の１番人気に推されてゲートインした。

　スムーズにゲートを出たフジキセキは中団を進み、第３コーナーからポジションを上げながら２番手で直線へ向くと、まったくの馬なりで先頭に立ってレコードタイムで圧勝。しかも１馬身1/4差で２着に負かした馬は、翌年の日本ダービー馬となるタヤスツヨシだった。
  　続く旧３歳チャンピオン決定戦・朝日杯３歳ステークス（ＧⅠ、中山・芝1600ｍ／現・朝日杯フューチュリティステークス）でも、単勝オッズ1,5倍の抜きんでた１番人気に推されたフジキセキは、先団から進んで直線では早めに先頭へ。最後は後方から追い込んだスキーキャプテンに迫られるなか、クビ差で勝利。差こそ小さかったが、フジキセキはノーステッキでの勝利であり、いわゆる「着差以上の強さ」で評判馬を退けたことは明らかだった。

　このレースを受けて、「サンデーサイレンス産駒の一番馬」「（来年の）クラシックの主役」との評価が決定的になった。レース後、角田は「（他の馬とは）エンジンが違っている感じ。（２着のスキーキャプテンが）来たら、また伸びました。楽勝でした」と笑みを浮かべながらコメントした。