しかしストックトンはゴンザガ大にとって突然変異的な存在であり、その後しばらくＮＢＡで活躍する選手は現われず、89年にプロ入りしたマイク・チャンピオンもシアトル・スーパーソニックス（現オクラホマシティ・サンダー）で２試合に出場したのみ。

　95年にトーナメントに初出場した時のメンバーも、ＮＢＡでは大成しなかった。それでもストックトンの影響で校名が広く知られるようになり、徐々にカンファレンス内での地位も上昇。ダン・モンソン・ヘッドコーチの下、２度目のトーナメント出場を果たした99年は、ミネソタ大やスタンフォード大、フロリダ大と上位シード校を次々と撃破。シンデレラチームの快進撃は全米中のファンから注目を集め、学校のウェブサイトはアクセスが集中しすぎてクラッシュしたほどだった。

　結局、準々決勝でこの年王者となるコネティカット大に敗れたが、残り１分まで１点差で食らいつく健闘を見せた。

　この時の主力だったリッチー・フラムは、卒業後フィリピン、トルコを経て2003年にソニックスに入団。４年間のＮＢＡ生活のあと再び海外へ働き場を求め、日本のアイシン（現シーホース三河）で現役を終えた。日本でプレーしたゴンザガ大出身の元ＮＢＡ選手には、元レイカーズで17～19年にサンロッカーズ渋谷に所属したロバート・サクレもいる。
  　99－00シーズンにはモンソンＨＣに代わり、マーク・フューがアシスタントコーチから指揮官に昇格。99～01年と３年続けてスウィート16まで進出するなど、すっかりトーナメント常連校になったゴンザカ大には、全米から有望な選手が集まるようになっていた。

　ワシントン大からの転校生ダン・ディッカウは、02年にゴンザガ大初のオール・アメリカン１stチーム入り。03、04年と２年連続でカンファレンスＭＶＰに輝いたブレイク・ステップは、ケガで選手生命を絶たれたあと、プロのポーカープレーヤーに転身している。

　快活な性格で人気者だったフランス出身のロニー・トゥリアフは、ブロックショットを武器にレイカーズとヒートで２度ファイナルに出場し、12年には優勝を経験。通算473試合の出場は、ゴンザガ大出身者ではストックトンに次いで２位の記録である。

　03年に入学したアダム・モリソンは、シュート力の高さから〝ラリー・バード二世〞と呼ばれ、３年時の06年にはシーズンの学校記録となる926点を稼ぎ、平均28.1点をマーク。同年の全米最優秀選手に選出されると、ショーロット・ボブキャッツ（現ホーネッツ）のオーナーだったマイケル・ジョーダン（元シカゴ・ブルズほか）に才能を見込まれドラフト３位で指名を受ける。しかしＮＢＡでは実力不足に加え、ヒザの故障にも見舞われ実働３年でリーグからフェードアウトした。