100以上の大学からリクルートされたアイザイアが選んだ進学先は、熱血コーチとして有名なボブ・ナイト率いる強豪インディアナ大だった。１年時にはＮＣＡＡトーナメントのスウィート16に、２年時には優勝をチームにもたらし、トーナメント最優秀選手賞を受賞。２年時の平均成績は16.0点、5.8アシストと、突出した数字をマークしたわけではなかったが、圧倒的なテクニックと勝負強さ、そして卓越したリーダーシップは他の追随を許さなかった。

　ＮＣＡＡタイトルを手土産に、ナイトＨＣの反対を振り切ってＮＢＡドラフトへのアーリーエントリーを宣言する。家族を経済的に助けたいというのが、その最大の理由だった。アイザイアは幼少の頃から、この瞬間が訪れる日を、首を長くして待っていた。

　当時のドラフト予想をインターネットで調べると、２通りの説に行き当たる。ひとつは、アグワイアが１位指名の最有力候補であり、それにアイザイアが続くというもの。もうひとつは、アイザイアこそが１位指名の本命だったが、彼の取った身勝手な行動が問題視され、それゆえ１位指名はアグワイアになるだろう、という説。
  　１位指名権を持つマブズは、当初アイザイア獲得に動いていた。しかし、当のアイザイアは創設して間もない弱小チームには行きたくないと言い放つ。それだけに留まらず、地元の球団であるブルズ入りを熱望していると公言し（６位指名権を保有）、ピストンズのジャック・マクラスキーＧＭとの面談では、獲得を諦めさせようと、わざと頓珍漢な受け答えをしたのだという。2014年に放映された『ＥＳＰＮ』のドキュメンタリーフィルム“Bad Boys”で、アイザイアはトレードマークの“悪魔の笑み”を浮かべながら、そう回想している。

　６月９日、1981年ＮＢＡドラフトはニューヨークのグランドハイアット・ホテルで開催された。マブズは大方の予想通りアグワイアを１位で指名する。アンダークラスマンが１位で指名されたのは、1979年のマジック・ジョンソン以来史上２人目。

　続いてピストンズはアイザイアを、３位のネッツはメリーランド大３年のパワーフォワード、バック・ウィリアムズを指名した。トップ３が全員４年生以外というのは、史上初めての出来事だった。

　２巡目31位でセルティックスに指名されたのが、ブリガムヤング大４年のダニー・エインジ。冬は大学でバスケットボールに打ち込み、夏はＭＬＢのトロント・ブルージェイズでプレーするという傑出したアスリートだった。高校時代にはアメフトでも鳴らし、野球、バスケ、アメフトの３競技でオールアメリカンに選ばれた、史上唯一の選手だそうだ。